依所得稅法第一百十四條第一款規定應處罰鍰案件，其應扣未扣或短扣之稅額在新臺幣三千元以下，經限期責令補繳稅款及補報扣繳憑單，已依限繳納及補報者，免予處罰。
依所得稅法第一百十四條第二款規定應處罰鍰案件，有下列情事之一者，減輕或免予處罰：
一、已自動補報或填發扣繳憑單，其扣繳稅額在新臺幣六千元以下者，免予處罰。
二、已於填報或填發扣繳憑單期限屆滿後十日內自動補報或填發扣繳憑單，且補報或填發之給付總額未超過應填報或填發之扣繳暨免扣繳憑單給付總額百分之三十者，免予處罰。
三、經限期責令補報或填發扣繳憑單，已依限補報或填發，其扣繳稅額在新臺幣四千元以下者，免予處罰。
四、非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有所得稅法第八十八條第一項規定之各類所得時，扣繳義務人如未於代扣稅款之日起十日內申報扣繳憑單，而於次年一月三十一日以前已自動申報，或次年一月遇連續三日以上國定假日，於二月五日以前已自動申報者，按應扣繳稅額處百分之五之罰鍰。
五、營利事業解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人如未於十日內申報扣繳憑單，而於次年一月三十一日以前已自動申報，或次年一月遇連續三日以上國定假日，於二月五日以前已自動申報者，按應扣繳稅額處百分之五之罰鍰。