保管款存管作業程序如下：
一、直轄市或縣（市）主管機關應繕造保管清冊，以清冊之總金額填具國庫機關專戶存款收款書，將該總金額存入專戶，並於存入後即將保管款儲存日期及存入編號記載於保管清冊，除留存外，並送保管處所一份。
二、直轄市或縣（市）主管機關將保管款存入專戶後，應於代為標售或代為讓售土地所在地之鄉（鎮、市、區）公所、村（里）辦公處公告三個月及刊登政府公報，並於公告之日起刊登當地通行之一種新聞紙連續三日，且於直轄市、縣（市）主管機關及鄉（鎮、市、區）公所電腦網站刊登公告文三十日；其能查明權利人或利害關係人者，應於公告時以雙掛號或其他得收取回執之方式一併通知。
直轄市或縣（市）主管機關依前項第二款規定公告、通知權利人或利害關係人後，應將公告、通知之日期記載於前項第一款自行留存之保管清冊。