中小企業從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展費用，不在此限：
一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
三、委託經經濟部產業發展署認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。
前項第三款經經濟部產業發展署認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。
中小企業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出，符合本辦法之規定者，中小企業得檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定，核實認列其研究發展支出：
一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。
二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。
三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。
四、與國外公司、大專校院或研究機構共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。
第一項第一款及前項所定國內研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生福利主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。