主管機關就第二條所定申請條件及前條所定應備文件審核後核發同意函，申請單位持同意函依貿易及關務主管機關規定辦理文物運出入並依下列規定辦理：
一、外國運入之文物，於文物復運出口前，報請主管機關核發復運出口同意函後，持函向貿易主管機關申辦輸出許可，向出口地海關辦理復運出口。
二、本國運出之文物，持主管機關同意函向貿易主管機關申辦輸出許可，向出口地海關辦理文物運出口，並依核定之期限將文物全數復運進口後報主管機關備查。
三、申請單位應依同意函核定之文物資料清冊及期限將文物全數復運出口或復運進口，因特殊原因須延期復運出進口者，應事先報請主管機關同意並依關務主管機關規定向海關申請延期。
四、經同意核定之外國運入文物資料清冊，有特殊原因須變更時，應於復運出口日期之一個月前，報請主管機關同意修正文物資料清冊。但屬原核定之文物資料清冊範圍內減列文物數量者，得於運入日十四日前，報請主管機關同意修正。
主管機關核發前項第一款之外國運入文物之復運出口同意函及第二款之本國運出文物同意函前，得視個案需要委請專家就文物資料清冊進行文物查驗核對。