依本條例第十七條第一項規定，向海關辦理通報程序如下：
一、國外貨物進儲自由港區事業時，自由港區事業應向海關傳輸報單通報，經海關以電腦回應紀錄有案，憑以進儲。
二、自由港區事業貨物輸往國外時，由貨物輸出人於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報出口，經海關電腦回應紀錄有案，憑以裝船（機）出口。
三、自由港區事業貨物運往其他自由港區時，由自由港區事業於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報轉運，經海關電腦回應紀錄有案，憑以出進區。
前項第二款貨物符合下列情形之一者，得免進儲港區貨棧：
一、進出口貨物查驗準則第三十條所定之貨物。
二、進出口貨物查驗準則第九條所定廠商之貨物，且該廠商具備與自由港區管理機關貨（櫃）物動態資料連線之電腦設備、海關核可之倉儲及查驗貨物所需設施。
三、自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）。