飼養豬隻二十頭以上未滿二百頭之畜牧業，於本辦法中華民國一百零六年十二月二十七日修正施行後始取得畜牧場登記證者，應於營運前，檢具廢（污）水管理計畫，報請直轄市、縣（市）主管機關核准，始得營運產生廢（污）水。直轄市、縣（市）主管機關於核准廢（污）水管理計畫前，應進行現場勘察；其涉及沼液沼渣農地肥分使用者，直轄市、縣（市）主管機關應邀請農業主管機關參與審查。
飼養豬隻二十頭以上未滿二百頭之畜牧業，於本辦法中華民國一百零六年十二月二十七日修正施行前之既設者，應依下列規定之對象及期限檢具廢（污）水管理計畫，並依前項規定辦理：
一、飼養豬隻一百頭以上未滿二百頭之畜牧業：應於中華民國一百零八年十二月三十一日前完成。
二、飼養豬隻二十頭以上未滿一百頭之畜牧業：應於中華民國一百零九年十二月三十一日前完成。
前二項廢（污）水管理計畫應記載下列事項：
一、基本資料。
二、用水來源與用水量、廢（污）水及污泥產生、處理及排放資料。
三、放流口。
四、依第四十六條之一規定應符合之畜牧糞尿資源化處理比率。
五、沼液沼渣農地肥分使用者，其沼液沼渣農地肥分使用資料。
前項沼液沼渣農地肥分使用者應檢具下列內容及文件：
一、畜牧場登記證書或畜禽飼養登記證影本。但未領有畜牧場登記證書或畜禽飼養登記證者，免檢附。
二、沼液、沼渣作為農地肥分之場址（以下簡稱施灌農地）所有權證明文件；施灌農地非申請者所有，應檢附所有人、管理人或使用人使用同意書影本。
三、施灌農地地號、地籍謄本影本、面積及作物別。
四、沼液沼渣輸（運）送方式及路線。
五、施灌作業，應含沼液沼渣施灌數量、方式、頻率、用途。
飼養豬隻二十頭以上未滿二百頭之畜牧業廢（污）水管理計畫，涉及沼液沼渣農地肥分使用資料應符合第七十條之一第一項各款規定。
廢（污）水管理計畫應採網路傳輸方式辦理。但經直轄市、縣（市）主管機關同意者，得採書面方式辦理。