本條例所稱主管機關：在中央為衛生福利部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。主管機關應獨立編列預算，並置專職人員辦理兒童及少年性剝削防制業務。
本條例所定事項，主管機關及目的事業主管機關權責事項如下：
一、主管機關：兒童及少年性剝削防制政策規劃、推動、監督及其他相關事宜；被害人保護扶助、行政裁處、行為人輔導教育、定期公布兒童及少年性剝削相關統計資料及其他相關事宜。
二、衛生主管機關：被害人驗傷、採證、行為人身心治療及其他相關事宜。
三、教育主管機關：各級學校、幼兒園兒童及少年性剝削防制教育、被害人就學權益之維護、中途學校及其他相關事宜。
四、勞動主管機關：被害人職業訓練、就業服務及其他相關事宜。
五、警政主管機關：兒童及少年性剝削犯罪預防及調查、資料統計、行為人登記、報到、查訪、查閱及其他相關事宜。
六、法務主管機關：兒童及少年性剝削犯罪偵查、矯正及其他相關事宜。
七、移民主管機關：臺灣地區無戶籍國民、外國人、無國籍人民、大陸地區人民、香港或澳門居民因遭受兒童及少年性剝削致逾期停留或居留者，協助維護其在臺灣地區停留或居留權益，並配合協助辦理後續送返事宜；加害人為臺灣地區無戶籍國民、外國人、大陸地區人民、香港或澳門居民者，配合協助辦理後續遣返及其他相關事宜。
八、文化主管機關：出版品違反本條例規定之處理及其他相關事宜。
九、通訊傳播主管機關：廣播、電視及其他由該機關依法管理之媒體違反本條例規定之處理及其他相關事宜。
十、數位發展主管機關：兒童或少年性影像犯罪防制情事之技術支援相關事宜。
十一、經濟主管機關：特定行業營業場所違反本條例規定之處理及其他相關事宜。
十二、戶政主管機關：提供被害人身分、戶籍資料及其他相關事宜。
十三、其他兒童及少年性剝削及性影像防制措施，由相關目的事業主管機關依其權責辦理。
主管機關應會同前項相關機關定期公布並檢討教育、宣導、救援及保護、加害者處罰、安置及服務等工作成效。
主管機關應邀集相關學者或專家、民間相關機構、團體代表及目的事業主管機關代表，協調、研究、審議、諮詢及推動兒童及少年性剝削防制政策；其中學者、專家及民間相關機構、團體代表不得少於二分之一，任一性別不得少於三分之一。
為協助被害人處理性影像限制瀏覽或移除，中央主管機關得自行或委託民間團體成立性影像處理中心，並設專職人員辦理下列事項：
一、受理性影像申訴、諮詢、查察。
二、通知網際網路平臺提供者、網際網路應用服務提供者及網際網路接取服務提供者（以下併稱網路業者）限制瀏覽或移除兒童或少年之性影像。
三、其他性影像防制相關業務。
中央主管機關得運用科技技術方式，於網路主動巡查涉兒童或少年性影像犯罪嫌疑情事，數位發展主管機關依法提供相關技術協助。
網路業者對於前項巡查，不得拒絕、妨礙或規避。