事業或污水下水道系統座落於直轄市、縣（市）主管機關公告應特予保護農地水體之排放總量管制區（以下簡稱總量管制區）者，直轄市、縣（市）主管機關應依下列規定辦理：
一、第一級總量管制區
（一）對於製程及廢（污）水處理程序使用或產生，或原廢水、放流水水質檢測報告結果含銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘者，不得核發新申請之水措計畫及許可證（文件）。
（二）對於變更增加排放含銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘之重金屬廢水量或總量者，不得同意變更排放許可證（文件）。
（三）因違反本法規定，經撤銷或廢止水措計畫及許可證（文件）者，不得再核發水措計畫及許可證（文件）。
（四）放流水管制限值施行後五年，總量管制區水體所含之銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘重金屬，仍未符合灌溉用水水質標準，對於製程及廢（污）水處理程序使用或產生，或原廢水、放流水水質檢測報告結果含銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘且該事業及污水下水道系統於水措計畫及許可證（文件）有效期間內，有違反本法第七十三條第一項所定情節重大者，其水措計畫及許可證（文件）有效期間屆滿後，不得再核發。
二、第二級總量管制區：因違反本法規定，經撤銷或廢止水措計畫及許可證（文件）者，不得再核發水措計畫及許可證（文件）。
工業區專用污水下水道系統設有聯合污水處理廠，增加排放含銅、鋅、鎳、總鉻、六價鉻、鎘之重金屬廢水量，有下列情形之一者，不受前項第一款第二目不得同意變更排放許可證（文件）之限制：
一、受託處理總量管制區內事業廢水，致處理量超過原許可核准量。
二、新排放總量小於或等於原排放總量的百分之九十：
（一）新排放總量＝變更後廢（污）水每日最大量×削減後重金屬排放濃度
（二）原排放總量＝原核准廢（污）水每日最大量×總量管制區內放流水管制限值
第一項總量管制區內之事業或污水下水道系統沿灌排使用渠道或各級排水路以掛管方式排放廢（污）水，或以共同排放管線共同排放廢（污）水，將放流口設置於總量管制區外，未排放廢水於總量管制區內者，應依第一項各款規定辦理。
事業或污水下水道系統隱匿其有第一項之情形而取得水措計畫及許可證（文件）者，主管機關應撤銷其水措計畫及許可證（文件）。