違反本法各處罰條款，除本法另有規定者外，以罰鍰裁罰公式計算應處罰鍰，並取至新臺幣元，小數點後無條件捨去。
前項罰鍰裁罰公式如下：
罰鍰額度＝A x B x C x D x（1+E）x罰鍰下限
前項公式之A代表污染程度、B代表污染物項目、C代表污染特性及D代表影響程度，均為附表一所列裁罰因子之權重；E代表加重或減輕裁罰事項，為附表二所列裁罰因子之權重，屬加重處罰事項之E為正值；屬減輕處罰事項之E為負值。
各級主管機關裁處罰鍰，除依第二項規定計算額度外，經各級主管機關認定，有下列情形之一者，得以該處罰條款之最高罰鍰裁罰：
一、屬本法第九十六條第一項各款規定情節重大情形之一。
二、使用未經直轄市、縣（市）主管機關審查認可之固定污染源空氣污染物連續自動監測設施監測，產出且傳送不實之監測資料。
各級主管機關裁處時，除依前四項規定計算應處罰鍰額度外，並應依行政罰法第十八條第一項規定，審酌違反本法上義務行為應受責難程度及所生影響，並得考量受處分者之資力，予以論處。