民間機構或其直接承包商申請適用本辦法免徵或分期繳納關稅之案件，應繕具參與重大公共建設整批或分批進口貨物申請免徵或分期繳納關稅案件審核證明表暨其清表（格式如附件一、二）一式四份，向主辦機關提出申請。主辦機關證明屬實後，應將上述文件函轉重大公共建設之中央目的事業主管機關備查，中央目的事業主管機關准予備查時，除以正本函復主辦機關外，並應以副本連同上述表格分送申請人及進口地海關辦理免徵或分期繳納關稅。
前項審核證明表，應載明民間機構或其直接承包商進口貨物之價格，其屬分批進口者，並應載明預定最後進口日期；其為分期興建分期進口者，應包括各該期之最後進口日期，如因事實需要延長進口期限，應於期限屆滿前申請延長，延長期間合計最長不得超過三年。
民間機構或其直接承包商申請按整批或分批進口者，如因修正原計畫，致有變更審核證明表或清表者，應於審核證明表上所載之最後進口日期前，向中央目的事業主管機關申請變更。其為分期興建者，應於審核證明表上所載之各該期貨物最後進口日期前申請之。
前二項之延長或變更，準用第一項申請程序。