自建、自購住宅貸款利息補貼及租金補貼案件之審查程序如下：
一、直轄市、縣（市）主管機關受理申請案件後，應併同戶政機關、財稅機關及相關單位提供之資料予以審查，對資料不全者，應通知限期補正。直轄市、縣（市）主管機關應於受理期間屆滿之次日起二個月內完成全部審查作業；必要時，得延長二個月。
二、申請住宅補貼經審查合格，直轄市、縣（市）主管機關應按年度辦理戶數，於審查完成後一個月內依評點基準評定之點數高低，依順序及計畫辦理戶數分別發給租金補貼核定函、自建或自購住宅貸款利息補貼證明。
三、申請住宅補貼者如因最低評分相同致超過當年度辦理戶數時，直轄市、縣（市）主管機關應就上開評分相同者，以公開或其他公平、公正之方式辦理抽籤，並依抽籤結果發給中籤戶租金補貼核定函、自建或自購住宅貸款利息補貼證明。
前項第一款限期補正之規定，於申請人以受家庭暴力或性侵害之受害者及其子女之身分提出申請者，其應檢附之文件除切結書外，得於受理期間屆滿三個月內補正。
第一項第一款屆期不補正或經補正仍不符規定之申請案件，直轄市、縣（市）主管機關應依下列規定辦理：
一、補正項目為增加評點者：續予審查，不列計評點項目。
二、補正項目為第十四條第一項第四款第一目第一類優惠利率適用對象之證明文件者：續予審查，適用第十四條第一項第四款第二目第二類優惠利率。
三、補正項目涉及申請資格有無者：駁回申請案件。
自建或自購住宅貸款利息補貼、租金補貼、修繕住宅貸款利息補貼及簡易修繕住宅費用補貼，同一年度申請人僅得擇一種申請，並以一件為限，同時申請二種或二件以上者，直轄市、縣（市）主管機關應限期申請人擇一申請，屆期未擇一者，得全部駁回。同一家庭以一人提出申請為限，有二人以上申請者，直轄市、縣（市）主管機關應限期請申請人協調由一人提出申請，屆期協調不成者，得全部駁回。