管制飛航之航空器除第四十三條、第四十四條及第四十六條規定外，欲改變飛航計畫內容，應向航管單位提出申請，並於獲得航管許可後始可實施。如於緊急情況下因安全理由所採取之行動與現行飛航計畫相異，不及事先申請時，仍應將已採取之行動儘速提報航管單位，並說明係緊急情況。
管制飛航之航空器除另經核准或經航管單位指示外，應儘可能在已建立之航路或航線上沿該航路或航線所設定之中心線上飛航。如在其他航線上，亦應於設定該航線之助航設施及點間直接飛航。如有偏離，應通知適當之航管單位。
航空器飛航於以特高頻多向導航臺設定之航路或航線上時，應儘可能於通過設定之變換點時，轉換其主要導航參考。