香港或澳門居民申請在臺灣地區居留，有下列情形之一者，得不予許可：
一、現（曾）有下列情形之一：
（一）未經許可入境。
（二）從事與許可目的不符之活動。
（三）有事實足認為有犯罪行為。
（四）有危害國家利益、公共安全、公共秩序或從事恐怖活動之虞。
（五）參加或資助內亂、外患團體或其活動而隱瞞不報。
（六）參加或資助恐怖或暴力非法組織或其活動而隱瞞不報。
（七）有事實足認涉嫌重大犯罪或有犯罪習慣。
二、有事實足認係通謀而為虛偽收養。
三、原為大陸地區人民。
四、現（曾）冒用身分或持用偽造、變造證件申請或入境。
五、現（曾）依本辦法規定申請時，為虛偽之陳述或隱瞞重要事實。
六、現（曾）在臺灣地區有行方不明紀錄達三個月以上。
七、與臺灣地區人民結婚，其婚姻無效或有事實足認係通謀而為虛偽結婚。
八、健康檢查不合格。
九、經許可入境，已逾停留、居留期限。但有本條例第十四條之二情形，或取得在臺灣地區設有戶籍之未成年親生子女權利義務之行使或負擔，不在此限。
十、現（曾）任職於大陸地區行政、軍事、黨務或其他公務機構、具政治性機關（構）、團體或其於香港、澳門投資之機構或新聞媒體。
前項不予許可之期間如下：
一、有第一款第一目、第四款及第五款情形：二年至五年。
二、有第一款第二目、第二款、第六款、第七款及第九款情形：一年至三年。
前項不予許可期間之計算，已入境者，自出境之日起算；未入境者，自不予許可、撤銷或廢止許可之翌日起算。
香港或澳門居民經許可入境，未逾停留期限三十日，其居留申請案有數額限制者，依規定核配時間每次延後一年許可。但有第十二條第一項各款情形之一，未辦延期者，不在此限。
第一項第一款第四目、第三款及第十款情形，移民署得會同國家安全局、大陸委員會及相關機關審查。