操作人從事遙控無人機飛航活動時應遵守下列操作限制：政府機關（構）、學校或法人於禁航區、限航區及航空站或飛行場四周之一定距離範圍內從事遙控無人機飛航活動，應於活動日十五日前檢附活動計畫書（附件十四）提出申請，報請民航局會商目的事業主管機關同意。但禁航區、限航區、航空站或飛行場如有涉及軍事航空管理機關（構）管理之區域，應於活動日三十日前提出申請。
政府機關（構）、學校或法人於直轄市、縣（市）政府公告之禁止、限制區域內從事遙控無人機飛航活動，應於活動日十五日前檢附活動計畫書（附件十四）提出申請，報請直轄市、縣（市）政府會商相關中央主管機關同意。如有跨縣市活動時，應向起飛地點所在直轄市、縣（市）政府提出申請，經所在地及跨縣市政府同意。
前二項活動經民航局或直轄市、縣（市）政府同意後，應於每次活動前、後於指定時間內至民航局指定資訊系統登錄飛航資訊。
第一項及第二項之同意文件期限，以三個月為限。但經農政機關登記合格之法人於從事本法第九十九條之十四第一項第二款、第三款及第六款飛航活動時，以六個月為限；政府機關為執行業務者，以一年為限。
於本法第九十九條之十三第二項規定之區域從事遙控無人機飛航活動時，其活動申請，直轄市、縣（市）政府另有規定者，不受第二項規定之限制。
自中華民國一百十六年十二月一日起，政府機關（構）、學校或法人從事第一項及第二項飛航活動所使用裝置導航設備之遙控無人機，應符合下列規定：
一、應具有數位發展部公告之專業機構或法人所出具符合數位發展部會銜交通部訂定之遙控無人機資安檢測規範之遙控無人機資安檢測合格報告。但已依第十五條規定取得農用目的之特種實體檢驗合格證，不在此限。
二、最大起飛重量未達二公斤之遙控無人機，應具有符合經濟部標準檢驗局之商品檢驗證明；最大起飛重量二公斤以上之遙控無人機，應具有民航局核發之型式檢驗合格或認可證明文件。但已依第十五條規定取得農用目的之特種實體檢驗合格證，不在此限。
政府機關（構）、公立學校及公營事業依政府採購法規定辦理之採購，於招標文件明定遙控無人機資安檢測標準者，因該採購案件所使用之遙控無人機，得免予適用前項第一款規定。