本辦法施行後，土地開發利用屬第三條第一項各款開發類別者，義務人應依下列原則辦理：
一、第三條第一項第一款開發計畫書件於本辦法施行前已提出申請，未經各級區域計畫委員會審議通過者，除有第三項已提送排水規劃書或第四項第四款情形外，義務人應提出出流管制規劃書。但本辦法施行前已經各級區域計畫委員會審議通過者，免依第三條第一項規定辦理。
二、第三條第一項第二款都市計畫草案於本辦法施行後一年內，已提送該管都市計畫委員會審議者，得免依第三條第一項規定辦理。
本辦法施行後，土地開發利用屬第二條第一項各款開發樣態者，除有第三項或第四項第一款及第三款情形外，應依下列原則辦理：
一、本辦法施行前尚未提出興辦事業計畫送目的事業主管機關者，義務人應依本辦法規定提出出流管制計畫書。
二、本辦法施行前已提出興辦事業計畫送目的事業主管機關，並於本辦法施行後一年內開工者，免依第二條第一項及第二項規定提送出流管制計畫書。但未能於本辦法施行後一年內開工者，義務人應依本辦法規定提出出流管制計畫書。
本辦法施行前已提送排水計畫書或排水規劃書至區域排水管理機關者，區域排水管理機關得續依排水管理辦法規定辦理排水計畫書或排水規劃書審查核定。但後續有關開工、施工、停工、復工、變更、完工及督導考核等，義務人及主管機關應依本辦法規定辦理。
本辦法施行前已核定之排水計畫書或排水規劃書，應依下列原則辦理：
一、排水計畫書已核定但未施工者，義務人應於本辦法施行日起三年內申報開工，並適用第十八條之規定，未依規定期限申報開工者，其排水計畫書失其效力，主管機關應依第十六條第三項規定辦理。
二、義務人依前款規定申報開工後，關於施工、停工、復工、變更、完工及督導考核等，依本辦法規定辦理。
三、其土地開發利用係施工中或已完工者，不適用本辦法之規定。但義務人未依核定之排水計畫書內容辦理，經主管機關限期令其改善，其未於期限內改善完成，主管機關廢止原核定處分後，得函請目的事業主管機關令其停止開發或為適當之處置。
四、排水規劃書已核定，但尚未核定排水計畫書者，免依第三條第一項各款再提送出流管制規劃書，排水規劃書如有變更時準用第七條第三項規定。
前二項排水規劃書及排水計畫書屬中央管區域排水管理機關核定者，該排水管理機關應提供核定之排水規劃書及排水計畫書送主管機關據以辦理。