水資源相關基金應依各水質水量保護區分別設置專戶，各專戶並設置運用小組管理運用。專戶運用小組成員由相關中央主管機關、水質水量保護區與其用水地區地方主管機關、民意機關代表、居民代表及社會公正人士組成；其設置要點由水資源相關基金管理委員會定之。
涉及原住民族地區之水質水量保護區，其專戶運用小組居民代表成員，應依比例由原住民居民代表擔任；其水源保育與回饋費，應依比例運用於原住民族地區。
本法中華民國九十三年六月三十日修正公布施行前，附徵之水源特定區協助地方建設費用，於水源保育與回饋費徵收前，繼續於水價外附徵；其協助臺北水源特定區地方建設辦法，繼續適用。
水源保育與回饋費徵收後，原依本法附徵之水源特定區協助地方建設費用，納入水源特定區專戶管理運用。