中華民國人不得有下列重大違規行為：
一、無漁業證照、無第六條第一項之遠洋漁業作業許可或收回漁業證照處分執行期間，從事遠洋漁業。
二、未依第九條第一項規定裝設船位回報器或電子漁獲回報系統而出港。
三、未依第十一條第一項規定經主管機關許可從事海上轉載、港內轉載或港口卸魚。
四、未依前條第一項規定經主管機關核准，進入他國管轄海域從事漁撈作業。
五、偽造、塗改或遮蔽中英文船名、船籍港名、漁船統一編號或國際識別編號之漁船標識。
六、從事漁撈作業時，故意使船位回報不正確或使船位回報器失去功能。
七、有配額限制之魚種，漁船總漁獲量已超過主管機關依第十條第二項第四款所定辦法規定許可配額百分之二十，仍繼續捕撈該魚種。
八、於禁漁期或禁漁區從事漁撈作業。
九、使用主管機關禁止之漁具。
十、從事未經主管機關許可之漁業種類。
十一、捕撈、持有、轉載或卸下、銷售禁捕魚種。
十二、未依第十條第二項所定辦法填報、繳交漁撈日誌或漁獲通報，或漁撈日誌或漁獲通報資料嚴重不實。
十三、規避、妨礙或拒絕主管機關、國際漁業組織或漁業合作國指派之觀察員進行觀察任務。
十四、規避、妨礙或拒絕第十一條第二項之查核，第十二條第二項、第十六條、第十七條第一項、第二十五條第一項之檢查，第二十五條第四項所定辦法中有關稽核之規定。
十五、偽造、變造、湮滅或隱匿有關違反本條例規定之證據。
十六、提供本船申領之漁獲證明書供他船漁獲物使用，或本船漁獲物持他船所領漁獲證明書銷售。
十七、偽造、變造或冒用漁獲證明書，或故意使用經偽造或變造之漁獲證明書銷售漁獲物或漁產品。
十八、與國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船或無國籍船舶聯合從事漁撈作業、轉載或補給。
十九、明知漁獲物或漁產品來源有下列情形之一而買賣或加工：
（一）有第一款至前款情事之一。
（二）為國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船所捕撈。
前項第八款之禁漁期及禁漁區、第九款禁止使用之漁具、第十一款禁捕魚種及第十八款、第十九款第二目非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單，由主管機關公告之。