本會分設政策規劃組、課程教學組、社會推展組及校園性別事件防治組，依下列規定，辦理前條各款之相關工作：
一、政策規劃組：
（一）研擬性別平等教育相關規定。
（二）研擬性別平等教育相關政策。
（三）規劃性別平等教育理念之推廣。
（四）督導考核性別平等教育相關工作之實施。
（五）研擬本會設置辦法訂修及其運作事宜。
（六）彙整本部性別平等教育年度計畫、預算及評估實施成效。
（七）蒐集國內外性別平等教育相關資料及提供諮詢服務。
（八）其他有關性別平等教育之綜合性事務。
二、課程教學組：
（一）研發性別平等教育之課程與教學。
（二）推動及補助各級學校落實性別平等教育之課程與教學。
（三）輔導各級學校建置性別平等教育之學習環境與資源。
（四）規劃及辦理性別平等教育人員之培育、進修及認證。
（五）建立及整合性別平等教育之專業資源。
（六）提供性別平等教育之課程與教學諮詢服務。
（七）評鑑性別平等教育之課程與教學實施成效。
（八）規劃性別平等教育之課程與教學研究。
（九）參與性別平等教育融入課程綱要前導研究與研修。
（十）視導各級學校落實性別平等教育之課程與教學。
（十一）其他有關性別平等教育之課程與教學事務。
三、社會推展組：
（一）結合相關法規規定以宣導及落實性別平等教育法之精神。
（二）協助規劃全國性別平等相關之家庭教育及社會教育推展。
（三）協助審議民間團體辦理性別平等相關活動之申請補助案。
（四）運用大眾媒體、網站及刊物等進行性別平等教育之社會宣導。
（五）從性別平等角度檢視大眾媒體。
（六）建立並落實媒體報導校園性別事件之回應機制。
（七）辦理性別平等教育季刊之編輯、發行及總編輯之推選事宜。
（八）其他有關性別平等教育之社會推展事項。
四、校園性別事件防治組：
（一）研修校園性別事件防治準則。
（二）建立校園性別事件之處理流程及機制。
（三）協助處理校園性別事件申請調查、檢舉或申復，並提供本法第三十七條第四項之處理建議。
（四）建立校園性別事件處置相關資源。
（五）提供校園性別事件處置之諮詢服務。
（六）規劃及辦理校園性別事件處置知能之培訓及宣導工作。
（七）協助依本法第四十條第三項進行審議並決議。
（八）其他有關校園性別事件防治之相關事務。