本基金之財源如下：
一、適用加值型及非加值型營業稅法第十一條第一項規定之各業，自中華民國九十一年一月起至九十九年十二月底九年期間之營業稅稅款。
二、自中華民國九十一年一月起十年內，依中華民國八十九年一月一日調高存款保險費費率所增加之存款保險費收入。
三、運用本基金處分不良債權之收入。
四、本基金之其他收入。
五、政府循預算程序之撥入款項。
前項第一款及第二款之稅款及保險費收入未收足前，為辦理第四條第三項及第十條第一項賠付事項，本基金得委託中央存款保險股份有限公司（以下簡稱存保公司）向金融機構辦理特別融資；或準用銀行法第七十二條之一規定以該公司名義發行金融債券，並得以前項第一款至第三款之財源作為擔保，以其所得資金支應。存保公司申請融資及發行金融債券之本金、利息及費用，並由前項之財源償還之。
第一項第一款於本條例修正施行後新增之金融業營業稅稅款，其運用總額以新臺幣一千一百億元為限，所剩稅款應專款撥入存款保險賠款特別準備金。