本局設行政課、經濟課、刑事課、後勤課、外事課、秘書室、督察室、人
事室、保防室、會計室、勤務指揮中心、保安警察隊、分駐（派出）所，
分別掌理內政部警政署港務警察局組織通則第二條及第二章所定之事項。
本局得應業務需要，於金門港設分駐（派出）所，負責執行金門港區警察
事務，並受本局之指揮監督。