直轄市、縣（市）主管機關對於中華民國一百零五年五月二十日以後新增之未登記工廠（以下簡稱新增未登記工廠），應即依法停止供電、供水及拆除；對於一百零五年五月十九日以前既有之未登記工廠（以下簡稱既有未登記工廠），依下列規定辦理：
一、非屬低污染之既有未登記工廠，應訂定輔導期限，輔導業者轉型、遷廠或關廠。其拒不配合者，應依法停止供電、供水、拆除。
二、屬低污染之既有未登記工廠，未依第二十八條之五第一項規定申請納管或提出工廠改善計畫者，應依法停止供電、供水、拆除。
三、屬低污染之既有未登記工廠，依第二十八條之五第一項規定提出工廠改善計畫經核定者，應輔導其改善，並定期對其實施稽查。
中央主管機關應會同有關機關審查核定前項第一款非屬低污染既有未登記工廠之輔導期限，及督導直轄市、縣（市）主管機關輔導業者轉型、遷廠或關廠之執行情形。
中央主管機關應提供直轄市、縣（市）主管機關辦理第一項第一款輔導業者轉型、遷廠或關廠業務之協助措施及相關資源。