大陸船員第一次進入境內水域，所持證件應依下列各款之一辦理：
一、以直航客船接駁者，應持大通證及來臺許可文件正本進入通航港口。
二、以第二十六條第二項原僱用漁船接駁者，應持登輪證件正本進入查驗漁港。
前項通航港口或查驗漁港所在地海岸巡防機關蒐集大陸船員個人生物特徵識別資料及身分查驗比對無誤後，將登輪證件或大通證資料掃描上傳大陸船員資訊管理系統建檔，供主管機關核對，並協助直轄市、縣（市）主管機關製發識別證，同時收回來臺許可文件。
前項識別證之有效期限，應與第二十三條第二項之許可期間相同。
大陸船員應隨身攜帶識別證，以供檢查。