適用第二十三條之一規定之事業有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：
一、違反所得稅法第七十一條規定，未依限辦理結算申報，而已依同法第七十九條第一項規定補辦結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之十滯報金。但最高不得超過新臺幣三萬元，最低不得少於新臺幣一千五百元。
二、逾所得稅法第七十九條第一項規定之補報期限，仍未辦理結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之二十怠報金。但最高不得超過新臺幣九萬元，最低不得少於新臺幣四千五百元。
三、已依所得稅法規定辦理結算、決算或清算申報，有短漏報依所得稅法規定之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處以二倍以下之罰鍰。
四、未依所得稅法規定自行辦理結算、決算或清算申報，而經稅捐稽徵機關調查，有短漏報依所得稅法規定計算之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處三倍以下之罰鍰。
五、未依有限合夥法第二十八條第二項規定之盈餘分配比例計算各合夥人營利所得額者，應按其計算之所得額與依規定計算所得額之差額，處百分之五之罰鍰。但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。
六、未依限或未據實填發第二十三條之一第七項規定文件者，處新臺幣七千五百元之罰鍰，並通知限期填發；屆期未填發或未據實填發者，應按未填發文件之所得額，處百分之五之罰鍰，但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。
第二十三條之一第八項規定之扣繳義務人有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：
一、未依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款者，除限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按應扣未扣或短扣之稅額處一倍以下之罰鍰；其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款，或不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍以下之罰鍰。
二、已依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款，而未依同項規定之期限按實申報或填發扣繳憑單者，除限期責令補報或填發外，應按扣繳稅額處百分之二十之罰鍰，但最高不得超過新臺幣二萬元，最低不得少於新臺幣一千五百元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稅捐稽徵機關限期責令補報或填發扣繳憑單，扣繳義務人未依限按實補報或填發者，應按扣繳稅額處三倍以下之罰鍰，但最高不得超過新臺幣四萬五千元，最低不得少於新臺幣三千元。
三、逾第二十三條之一第八項規定期限繳納所扣稅款者，每逾二日加徵百分之一滯納金。