離島免稅購物商店及其存儲於自用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。
年度盤存之盤存日期，除特殊情形得事先報經監管海關核准提前或延長外，其日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月；海關必要時並得隨時盤存，離島免稅購物商店應配合辦理。
離島免稅購物商店應於年度盤存日之翌日起一週內將盤存清冊（委由會計師盤存者連同簽證報告）報監管海關審核，並將盤存清冊傳輸至關港貿單一窗口電腦系統。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
第一項盤存，事後發現錯誤時，得由離島免稅購物商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存日之翌日起算十四日申請者，不予受理。
離島免稅購物商店應於年度盤存日之翌日起算二個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製結算報告表，並檢送結算報告表紙本一份，電子媒體儲存檔案二份交監管海關審核。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
離島免稅購物商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存。申請非上班時間盤存者，海關應依海關徵收規費規則規定徵收盤存特別處理費。