區內事業違反第二十六條第一項但書規定，不具備帳冊或為虛偽不實之記載或拒絕園管局或分局及海關之稽核者，除命其限期改正外，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰；屆期未改正者，得按次處罰，至其改正為止；情節重大者，並得停止其一個月以上一年以下貨品之輸出入。
區內事業違反依第二十三條第三項所定辦法中有關保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序規定，海關得予以警告並限期改正；屆期未改正者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得按次處罰；處罰三次，仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅業務之一部或全部。