依第五十四條之一第二項、第六十三條之五第二項、第七十八條之一或第七十八條之三第二項規定申請使用人，有下列情形之一者，廢止其許可：
一、違反第六十三條之五第一項、第六章有關禁止或應行辦理事項、第七十八條、第七十八條之三第一項、第八十條或第八十一條規定。
二、堰壩及水庫蓄水範圍內，有關使用管理或其他應遵行事項，違反依第五十四條之二所定之辦法。
三、海堤區域內，有關使用管理、防潮搶險、海堤安全之檢查與養護或其他應遵行事項，違反依第六十三條之六所定之管理辦法。
四、河川整治之規劃與施設、河防安全檢查與養護、河川防洪與搶險、河川區域之使用管理或其他應遵行事項，違反依第七十八條之二第一項所定之河川管理辦法。
五、排水設施管理之維護管理、防洪搶險、安全檢查、設施範圍之使用管理或其他應遵行事項，違反依第七十八條之四所定之管理辦法。
六、自取得許可之日，未經主管機關許可，逾六個月未使用。
七、經催繳未在通知期限內繳清使用費。
八、轉讓他人使用或未依許可內容或其範圍使用。
九、因故意或重大過失管理不當，致他人於其使用範圍，有違反許可使用內容或其範圍使用。
十、許可使用後，喪失申請資格。
十一、為水利設施整治、管理、公共使用或其他防救緊急危險之必要。
使用人有前項第八款所定未依許可內容或其範圍使用之情形，而廢止其許可對公益有重大危害之虞者，主管機關得不予廢止，限期令使用人改善；屆期未完成改善者，處新臺幣十五萬元以上三百萬元以下罰鍰，並得按次處罰。
依法撤銷許可或依第一項第一款至第九款規定廢止許可者，使用人有可歸責之事由時，於一年內不得再申請使用。