自一百年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇依第二項規定按船舶淨噸位計算營利事業所得額；海運業務收入以外之收入，其所得額之計算依本法相關規定辦理。
前項營利事業每年度海運業務收入之營利事業所得額，得依下列標準按每年三百六十五日累計計算：
一、各船舶之淨噸位在一千噸以下者，每一百淨噸位之每日所得額為六十七元。
二、超過一千噸至一萬噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為四十九元。
三、超過一萬噸至二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為三十二元。
四、超過二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為十四元。
營利事業經營海運業務收入經依第一項規定選擇依項規定計算營利事業所得額者，一經選定，應連續適用十年，不得變更；適用期間如有不符合第一項所定一定要件，經中央目的事業主管機關廢止核定者，自不符合一定要件之年度起連續五年，不得再選擇依前項規定辦理。
營利事業海運業務收入選擇依第二項規定計算營利事業所得額者，其當年度營利事業所得稅結算申報，不適用下列規定：
一、第三十九條第一項但書關於虧損扣除規定。
二、其他法律關於租稅減免規定。
第一項之一定要件、業務收入範圍、申請之期限、程序及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商中央目的事業主管機關定之。