事件管轄學校或機關調查處理校園性別事件時，應依下列方式辦理：
一、行為人應親自出席接受調查；當事人為未成年者，接受調查時得由法定代理人或實際照顧者陪同。
二、當事人持有各級主管機關核發之身心障礙證明或有效特殊教育學生鑑定證明者，調查小組成員應有具備特殊教育專業者。
三、行為人與被害人、檢舉人或受邀協助調查之人有權力不對等之情形者，應避免其對質。
四、就行為人、被害人、檢舉人或受邀協助調查之人之姓名及其他足以辨識身分之資料，應予保密。但有調查之必要或基於公共安全考量者，不在此限。
五、依本法第三十三條第五項規定以書面通知當事人、相關人員或單位配合調查及提供資料時，應記載調查目的、時間、地點及不到場所生之效果。
六、前款通知應載明當事人不得私下聯繫或運用網際網路、通訊軟體或其他管道散布事件之資訊。
七、事件管轄學校或機關所屬人員不得以任何名義對案情進行瞭解或調查，且不得要求當事人提交自述或切結文件。
八、基於調查之必要，得於不違反保密義務之範圍內另作成書面資料，交由行為人、被害人或受邀協助調查之人閱覽或告以要旨。
九、申請人撤回申請調查時，為釐清相關法律責任，事件管轄學校或機關得經所設之性平會決議，或經行為人請求，繼續調查處理。學校所屬主管機關認情節重大者，應命事件管轄學校繼續調查處理。
十、當事人申請閱覽、抄寫、複印或攝影有關資料或卷宗，應依行政程序法規定辦理。
十一、當事人調查訪談過程紀錄，得以錄音輔助，必要時得以錄影輔助；訪談紀錄應向當事人朗讀或使閱覽，確認其內容無誤後，由其簽名或蓋章。