貨棧業者或集散站業者違反第十一條或第十三條規定者，由海關依本法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃（物）或廢止其登記。
貨棧業者違反第六條或第八條規定者，由海關依本法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃（物）或廢止其登記。
貨棧業者或集散站業者有前二項情事致存棧（站）貨櫃（物）因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依本法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨櫃（物）或廢止其登記。