替代役役男除本條例另有規定者外，享有下列權利：
一、學生保留學籍，職工保留底缺年資。
二、參加政府舉辦之考試時，給予公假。
三、乘坐公營交通運輸工具或進入公營歌劇影院等公共娛樂場所時，得予減費優待。
四、其家屬不能維持生活時，由政府扶助。
五、服役期間發生病、傷、身心障礙或死亡事故，經發布通報者，由主管機關發給一次慰問金。
六、替代役役男因公致病、傷或身心障礙，於退役、停役後，生計艱難需長期醫療或就養者，視同國軍退除役官兵，依國軍退除役官兵輔導條例及相關法令規定申請輔導安置；其慰問金、安養津貼及贍養金之發給，由主管機關辦理。但第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，不適用之。
七、因公死亡者，政府負安葬之責。
八、其家屬就醫之補助，比照常備兵家屬就醫相關規定辦理。
九、傷病住院屆滿役期未癒，經主管機關准予繼續治療者，由主管機關發給照護金。
前項替代役役男權利作業程序、優待、補助、照護、贍養及其他應遵行事項之辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定。
第一項第六款因公致病、傷或身心障礙者申請輔導安置之認定程序，由主管機關會商相關業務主管機關定之。