中央主管機關應建立傳染病流行疫情監視及預警系統，並執行下列事項：
一、就本法第三條所定傳染病，訂定傳染病通報定義及傳染病防治工作手冊，具體規範標準化通報流程、採檢方式、疫情調查及防治措施等作業。
二、建構全國各類傳染病監視及預警系統，從事通報資料之蒐集、分析，建置檢驗體制與電腦網路系統，並將分析資料回覆通報機構及地方主管機關。
三、督導地方主管機關執行本辦法所定之相關事項，必要時得支援其疫情處理工作。
四、其他與傳染病流行疫情監視及預警相關之事項。
本辦法所定下列工作，由中央主管機關委任所屬疾病管制署或委託相關機關（構）、團體辦理：
一、訂定傳染病通報定義及傳染病防治工作手冊等作業。
二、建構全國各類傳染病監視及預警系統。
三、督導地方主管機關執行疫情監視及預警相關事項。