中央主管機關依本條例第十條之一第二項捐助成立之專責機構為財團法人器官捐贈移植登錄中心（以下簡稱器捐登錄中心）。
器捐登錄中心依本條例第十條之一第二項所定辦理事項如下：
一、推動器官之捐贈。
二、建置及維護器官捐贈移植登錄系統（以下簡稱登錄系統）之資料庫。
三、受理施行移植手術醫院之摘取器官類目、移植病例與捐贈器官之基本資料、移植病例之成效與存活情形、施行手術之醫師及其他中央主管機關指定項目等事項之通報。
四、受理醫院通報潛在捐贈者及待移植者之相關資料。
五、辦理屍體器官捐贈之分配。
六、協調醫院之器官捐贈、摘取及移植等事項。
七、定期檢討器官勸募成效、器官捐贈與分配、資料通報、保存及運用等事項，並將檢討報告報請中央主管機關備查。
八、其他中央主管機關指定與本條例有關之事項。
登錄系統資料庫應蒐集、保存前項第三款至第五款之事項，中央主管機關得通知器捐登錄中心提供利用該系統產出之資料分析報告。