違反本法規定處罰鍰者，其額度計算公式為：罰鍰額度＝法定罰鍰額度下限ｘ違規行為發生或影響區域加權（A）ｘ違規程度加權（B）ｘ違規紀錄加權（C）。
前項所稱違規行為發生或影響區域加權（A），依行為發生於下列區域或污染結果影響至該區域，並以點數高者計算之：
一、本法第十八條第一項規定之區域或依法規劃設之海洋保護區：二。
二、前款以外之區域：一。
第一項所稱違規程度加權（B），依附表一所列樣態之違規程度加權點數，加上附表二所列加重或減輕事項之點數，合併計算之；其低於零點二者，以零點二計。
第一項所稱違規紀錄加權（C），以自本次違反本法之日（含）前一年內違反相同條款之未經撤銷裁罰次數，從一開始按每次一點加計之。但依本法按次處罰之次數不列入計算。