珊瑚漁船出海作業時，應填寫漁撈日誌。其漁業人或漁業從業人應於作業結束漁船進港日起三日內，將當航次漁撈日誌送交當地區漁會，由該漁會於一個月內送交當地直轄市或縣（市）政府核轉中央主管機關。
珊瑚漁船進港時，應停泊指定卸貨區，由中央主管機關指派人員會同當地區漁會清點捕獲之珊瑚種類及數量，並核對漁撈日誌，未完成核對前不得卸貨。
珊瑚漁船進港卸下漁獲時，應填寫卸魚聲明書，並即送交當地區漁會，由該漁會於一個月內送交當地直轄市或縣（市）政府核轉中央主管機關。
珊瑚漁船之漁業人及漁業從業人應配合中央主管機關委請之專家調查捕獲之珊瑚種類、株徑大小及其他事項。