本法第十六條第一項第一款所定依其排放空氣污染物之種類及數量徵收之空氣污染防制費，應依其每季排放空氣污染物種類、排放量及操作紀錄，按本法第十七條第二項所公告之收費費率自行計算申報應繳納之費額。固定污染源之所有人、實際使用人或管理人，應於每年四月、七月、十月及次年一月底前，依中央主管機關規定之格式，填具空氣污染防制費申報書及繳款單，並將前季之空氣污染防制費，自行繳納至中央主管機關指定金融機構代收專戶後，以網路傳輸方式，向中央主管機關申報。但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。

前項所稱排放空氣污染物之種類及數量，指固定污染源正常運作排放空氣污染物及其具有下列情形致大量排放空氣污染物：

公私場所固定污染源當年度各季排放空氣污染物之種類及數量，經中央主管機關核定其個別空氣污染物種類排放量皆於一公噸以下者，得於次年一月底前，報經中央主管機關同意，調整為每年一月底前，將其前一年各季空氣污染物排放量與空氣污染防制費費額一次申報及繳納。

前項公私場所固定污染源排放之個別空氣污染物種類排放量任一季超過一公噸者，應即依第一項規定申報、繳費。

本法第十六條第一項第一款所定對營建工程徵收之空氣污染防制費，營建業主應於開工前檢具登載工程類別、面積、工期、經費、涉及空氣污染防制費計算之相關工程資料及自行計算空氣污染防制費費額，向直轄市、縣（市）主管機關申報，經核定費額後，依第六條規定期限繳納至指定金融機構代收專戶。

依政府採購法需緊急處置之採購相關規定辦理之營建工程，營建業主得報經直轄市、縣（市）主管機關同意後，於指定期限內完成申報繳費作業。

營建業主未依規定向直轄市、縣（市）主管機關申報，經查獲已施工者，應依下列規定之一計算並認定其工期起算日：

中央主管機關執行空氣污染防制費查核作業，得通知該公私場所於十五日內提報下列計算固定污染源空氣污染物排放量之相關資料：

公私場所未於十五日內提報前項相關資料者，得於期限屆滿前，向中央主管機關申請展延一次，展延期間不得超過十五日。

中央主管機關針對以檢測結果計算空氣污染物排放量之固定污染源進行檢測，其檢測結果換算單位活動強度之空氣污染物排放量，與公私場所申報數值差異達百分之二十以上者，中央主管機關應以查驗結果，重新核算該固定污染源之空氣污染物排放量，並核定其應繳納之空氣污染防制費。

前項所稱單位活動強度之空氣污染物排放量，指固定污染源每單位之原（物）料量、燃料使用量、產品產量或其他經中央主管機關認可之操作量所排放之空氣污染物排放量，且其計算單位應與中央主管機關公告之空氣污染物排放係數估算基礎單位相同。