依本辦法規定適用投資抵減之民間機構，其購置自行使用之設備或技術，應依下列期限及程序辦理：
一、於主管機關核定民間機構所提興建或營運計畫之日起五年內交貨；其因情形特殊，未能於規定期間內交貨，於期限屆滿前敘明事由，向主管機關申請延期交貨，其經主管機關查明屬情形特殊者，得敘明理由轉請交通部確認後，核轉財政部專案核准延長之。
二、於交貨之次日起六個月內，向交通部申請核發投資抵減證明文件。自行使用之興建、營運設備及防治污染設備申請投資抵減證明時，應註明預定安裝完成或使用日期。
三、於辦理抵減年度營利事業所得稅結算申報時，憑前款證明文件及購置成本之原始憑證影本，其為新建主體建物及必要土木設施者，應檢附工程成本明細表，送請所在地之稅捐稽徵機關核定其可抵減稅額。
前項第一款之交貨時間，依下列規定認定之：
一、購置國外產製之設備：以運抵我國輸入口岸之日期為準。但經由代理商、經銷商、貿易商或租賃公司購置國外產製之設備者，以運抵民間機構營業處所之日期為準。
二、購置國內產製之設備：以運抵民間機構營業處所之日期為準。但防治污染設備附有土木、水電工程部分，得以土木、水電工程完成日期為準。
三、設備採整項向主管機關申請核發整項認定證明文件者，以最後一批設備交貨日期為準。其以同一訂購證明文件整批訂購者，亦同。
四、購置國內、外技術者，以價款交付日期為準；採分期付款者，以第一次交付價款日期為準；其所購置技術屬系統整體設備不可分之一部分者，得依前款規定認定之。
五、購置新建主體建物及必要土木設施：
（一）向他人購買者，以完成所有權登記日期為準；其無須辦理所有權登記者，以交由民間機構受領日期為準。
（二）自行興建者，以建設主管機關核發使用執照日期為準；無須核發使用執照者，以主管機關核發之建築相關證明文件載明之完工日期為準。
（三）委由他人興建者，以營建工程實際完成交由民間機構受領日期為準；受領日期無從查考時，以建設主管機關核發使用執照日期為準；無須核發使用執照者，以主管機關核發之建築相關證明文件載明之完工日期為準。
前項第三款所定整項及第四款所定購置技術屬系統整體設備不可分之一部分，應符合下列規定，且申請核發整項認定證明文件者，應於第一批設備或技術交貨日之次日起六個月內或本辦法中華民國一百零八年四月十日修正生效日之次日起六個月內，向主管機關申請專案核定，經核定後，不得再行變更：
一、在同一交通建設上須相互關聯、共同協力以完成勞務之提供者。
二、各設備或技術須互相配合方能發揮功能，無法單獨達成原定作用者。
民間機構參與交通建設有分期程興建或營運之必要者，如各期程不含土地之實際投資額均達新臺幣五億元者，主管機關得核定該交通建設計畫分期程興建或營運，並按各期程分別認定適用本辦法投資抵減相關規定；不同期程間之期間重疊者，按所購置興建、營運設備或技術之目的認定之。
主管機關核定興建或營運計畫後，應將確定之核定日期通知財政部；核定日期如有變更時，亦同。其核發第一項第二款投資抵減證明文件、第二項第三款或第四款整項認定證明文件時，應副知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。