公司申請適用本辦法投資抵減，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請審查是否符合第三條第一項或第二項所定資格條件，逾期申請者，中央目的事業主管機關應不予受理：
一、公司於我國境內進行技術創新且居國際供應鏈關鍵地位之說明資料。
二、經會計師查核簽證之公司當年度個體財務報告影本。
三、公司當年度營利事業所得稅結算申報書之損益及稅額計算表影本。
四、申請適用第十條所定投資抵減者，公司當年度購置自行使用於先進製程之全新機器或設備之投資計畫。
五、其他有關文件資料。
公司從事前瞻創新研究發展之支出申請適用投資抵減者，應併同前項之申請，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請下列事項，逾期申請者，中央目的事業主管機關應不予受理：
一、就其當年度研究發展活動是否屬前瞻創新研究發展活動及符合第四條規定提供審查意見：
（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。
（二）研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。
（三）購買或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約影本或證明文件影本。
（四）研究發展計畫、紀錄或報告。
（五）教育訓練項目明細表、參訓人員名冊及執行情形之相關文件。
（六）其他有關證明文件。
二、辦理第五條第二項規定之審查：
（一）購買或使用之專用技術、專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統者：購買或使用之契約文件影本或相關證明文件影本及付款證明文件影本。
（二）委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員者：委託或聘請之計畫及契約文件影本。
（三）與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出者：
1.足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法有關前瞻創新研究發展規定之相關說明或文件。
2.載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約影本。
3.就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件影本。
4.與國外公司、大專校院或研究機構共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研究發展對象之說明或文件。
前項第二款規定之支出項目，公司應於費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度依第一項規定期間提出申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。但未能於前開年度之申請期間提出且屬前項第二款第一目及第三目規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依第一項規定期間提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之申報年度起適用。