金融機構經主管機關許可合併者，其存續機構或新設機構於申請對消滅機構所有不動產、應登記之動產及各項擔保物權之變更登記時，得憑主管機關證明逕行辦理登記，免繳納登記規費，並依下列各款規定辦理：
一、因合併而發生之印花稅及契稅，一律免徵。
二、其移轉之有價證券，免徵證券交易稅。
三、其移轉貨物或勞務，非屬營業稅之課徵範圍。
四、消滅機構依銀行法第七十六條規定承受之土地，因合併而隨同移轉予存續機構或新設機構時，免徵土地增值稅。
五、消滅機構所有之土地隨同移轉時，除前款免徵土地增值稅者外，經依土地稅法審核確定其現值後，即予辦理土地所有權移轉登記，其應繳納之土地增值稅准予記存，由該存續機構或新設機構於該項土地再移轉時一併繳納之；其破產或解散時，經記存之土地增值稅，應優先受償。
六、因合併而產生之商譽，申報所得稅時，得於十五年內平均攤銷。
七、因合併而產生之費用，於申報所得稅時，得於十年內認列。
八、因合併出售不良債權所受之損失，於申報所得稅時，得於十五年內認列損失。
前項合併之金融機構，其虧損及申報扣除年度之會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第七十七條所定之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續機構或新設機構於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該辦理合併之金融機構於合併前，依所得稅法第三十九條規定之各期虧損，按各該辦理合併之金融機構股東（社員）因合併而持有合併後存續機構或新設機構股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起十年內，從當年度純益額中扣除。
存續機構或新設機構得繼受合併之財產或營業部分依相關法律規定已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵。但以合併後存續或新設機構中，屬合併消滅機構部分原適用之範圍為限，且其繼受之租稅優惠，屬應符合相關法令規定之獎勵條件及標準者，於繼受後仍應符合同一獎勵條件及標準。