醫療費用補助之項目如下：
一、補助全民健康保險應自行負擔之住院費用及住院期間之看護費用，合計每年最高補助新臺幣三十萬元。住院費用以因疾病、傷害事故就醫所生全民健康保險之應自行負擔之住院費用為限。本補助費用不含義肢、義眼、義齒、配鏡、鑲牙、整容、整形、病人運輸、指定醫師、特別護士、指定藥品材料費、掛號費、疾病預防與非因疾病而施行預防之手術或節育結紮及指定病房費。
二、未婚懷孕生產、流產醫療費用。但以特殊境遇家庭扶助條例未規定補助之費用為限。
三、為確認身分所作之親子血緣鑑定費用。
四、全民健康保險未涵蓋之發展遲緩兒童評估費及療育訓練費：未滿六歲或已滿六歲，未達到就學年齡，或經評鑑可暫緩入學者，每人每次最高補助新臺幣五百元，每月最多八次為限。
五、經醫師鑑定，因早產及其併發症所衍生之醫療、住院費用，每年最高補助新臺幣三十萬元為限。
六、無全民健康保險投保資格個案之醫療費用。但以全民健康保險有給付項目，且由就醫者自行負擔之費用為限，每年最高補助新臺幣三十萬元為限。
七、經醫師評估有必要之愛滋病毒感染預防性投藥費用，每一療程最高補助新臺幣三萬元為限。
八、其他經評估有補助必要之項目，每年最高補助新臺幣三十萬元為限。
前條各款兒童及少年未投保、中斷投保或欠繳全民健康保險法第二十七條規定應自付之保險費，縣（市）主管機關得酌予補助，每名兒童及少年補助以一次為限。