臺鐵公司應依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點規定，於年度終了時，就受補助之個案計畫辦理評核。
臺鐵公司因受補助取得之維修材料、基礎設施及車輛應妥為保管運用。
若未依前項確實妥為保管運用致使相關資產滅失、減損功能及價值，臺鐵公司應於知悉事由發生一週內通報交通部，並應於通報後二個月內提出管理疏失責任檢討報告陳報交通部，釐清責任歸屬，並依臺鐵公司應負擔之責任部分返還重置價金予國庫，或自行恢復原狀。不自行恢復原狀且不返還重置價金者，交通部得中止核撥補助款、追回補助款或扣減未來年度補助款，並不得依本條例第二十一條規定計入申請營運虧損補貼金額。
交通部對臺鐵公司提報之資料及執行情形，得隨時派員實地查核或調閱資料。若經發現有虛偽造假不符情事，臺鐵公司應依交通部所定期限改善，未依限改善或改善無效時，交通部得中止核撥補助款、追回補助款或扣減未來年度補助款。