生技醫藥公司投資於全新機械、設備或系統之支出，申請適用本辦法之投資抵減者，應於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前四個月起至申報期間截止日內，登錄本系統，依本系統格式填報，並上傳生技醫藥公司審定函、投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關之證明文件，完成申辦作業。
未於前項規定之申請期間內登錄，並上傳成功完成申辦作業者，不予受理；依前項規定申請，並經本系統通知申辦完成者，不得再次申請或登錄修改。
本部對第一項申請，應就其資格條件是否符合第二條規定，以及當年度投資支出是否符合第三條及第四條規定進行審查。
本部應於生技醫藥公司投資當年度營利事業所得稅結算申報截止日後七個月內完成核定，由本系統傳送投資計畫與購置項目核定結果；其經審查不符第二條規定者，本部應函送資格條件審查意見予該生技醫藥公司所在地稅捐稽徵機關，並副知該公司。
生技醫藥公司所在地稅捐稽徵機關應自行登錄本系統，下載前項核定結果以辦理核定投資抵減稅額。