中華民國擁有規範、授權或許可、禁止於中華民國鄰接區內、專屬經濟海域內及大陸礁層上以水下文化資產為標的活動的專屬排他管轄權。
主管機關對在中華民國鄰接區、專屬經濟海域或大陸礁層上所發現之水下文化資產或擬就水下文化資產進行考古之活動時，得依下列程序為之：
一、與依相關國際公約提出聲明之國家，共同諮商保護該水下文化資產之最佳方式。
二、作為協調國，對前款諮商進行協調。
中華民國作為前項第二款協調國時，得採取下列措施：
一、實施包括中華民國在內之所有諮商國一致同意之保護措施。
二、實施符合前款規定及相關國際公約規則之保護措施。
三、對水下文化資產進行必要初步研究，並得即時通知相關國際組織。