基金會置委員十三人至十五人，其中一人為主任委員，為無給職，任期三年，除主任委員外，其餘委員由各電子支付機構指派代表一人，以無記名連記法選任之，並聘任專家學者二人擔任委員。任期內因故改指派或改聘任者，其任期以任至原任委員任期屆滿之日為止。
主任委員由本條例第四十四條第一項所定主管機關指定同業公會之理事長擔任；於主管機關指定同業公會前，由中華民國銀行商業同業公會全國聯合會電子支付業務委員會之主任委員擔任。
基金會設執行秘書一人，必要時得另增聘會計或稽核一至二人，辦理有關事務。
前項人員得由基金會聘請適當人員兼任之。
基金會之章則、議事規程，應報經主管機關核定，變更時亦同。