物流中心貨物輸往課稅區或保稅區，應依下列規定辦理：
一、運往課稅區者，應由進口人填具申請書表，並檢具必備文件，由物流中心以電腦連線向海關申報，經完成通關後運出。其原由課稅區貨物進儲，原貨配銷課稅區者，由物流中心填具表單並登錄電腦後運出，免向海關申報。
二、運往保稅區者，應由物流中心及保稅區業者聯名填具申請書表，並檢具必備文件，由物流中心以電腦連線向海關申報，經完成通關及加封後運出。但除屬非准許進口之貨物、第四條第八款規定需經相關主管機關同意進儲之物品及經海關公告訂有存儲期限之貨物以外，物流中心貨物運往其他物流中心、保稅工廠、科技產業園區、科學園區、農業科技園區之非按月彙報者，以及運往同一管制區域內其他碼頭貨棧，可免加封。
物流中心及其分支物流中心相互間之轉儲，應依前項第二款規定辦理。