主管機關為辦理農田水利事業及維護第十八條所定灌溉管理組織之營運，應設置農田水利事業作業基金，其來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、農田水利設施範圍內依第十二條第一項、第十三條第一項、第十四條第二項規定申請許可時所收取規費及依第二十五條規定向使用者收取費用之收入。
三、租金及利息收入。
四、資產處分或活化收益收入。
五、其他收入。
前項作業基金之用途如下：
一、農田水利事業之興辦、改善、保養及管理事項之支出。
二、農田水利事業災害之預防及搶救事務之支出。
三、農田水利事業人員人事費。
四、原農田水利會所屬農田水利設施所需使用土地之承租或用地取得事項之支出。
五、其他與農田水利事業有關支出。
第一項農田水利事業作業基金應依各農田水利事業分別設置專戶。
第一項各款收入免徵營業稅。