學校或主管機關接獲前條第一項之申請或檢舉後，除有前條第二項所定事由外，應於三日內交由所設之性別平等教育委員會調查處理。
學校或主管機關之性別平等教育委員會處理前項事件時，得成立調查小組調查之；必要時，調查小組成員得一部或全部外聘，但行為人為校長、教師、職員或工友者，應成立調查小組，且其成員應全部外聘。本法於中華民國一百零七年十二月三十日修正生效前，調查小組成員全部外聘者，其組成及完成之調查報告均為合法。
調查小組成員應具性別平等意識，女性成員不得少於成員總數二分之一，且其成員中具校園性別事件調查專業素養之專家學者人數，於學校應占成員總數三分之一以上，於主管機關應占成員總數二分之一以上，成員資格由中央主管機關另定之。
校園性別事件當事人分屬不同學校時，前項調查小組成員，應有被害人現所屬學校之代表。但被害人、其法定代理人或實際照顧者要求不得通知被害人現就讀學校，且經性別平等教育委員會認定無通知必要者，不在此限。
性別平等教育委員會或調查小組依本法規定進行調查時，行為人、申請人及受邀協助調查之人或單位，應予配合，並提供相關資料，不得規避、妨礙或拒絕。
行政程序法有關管轄、移送、迴避、送達、補正等相關規定，於本法適用或準用之。