國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，自由港區事業均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得進出自由港區。
自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。
自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
自由港區事業貨物之通報或通關，得經海關核准辦理按月彙報作業。
自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、展覽、通報、通關、按月彙報、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。