業務組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 基金管理法規及行政規則之擬議及解釋事項。
(二) 基金年度收支之規劃事項。
(三) 基金委託收支業務之特約事項。
(四) 基金委託收支機構之管理及績效考核事項。
(五) 基金管理業務研究發展事項。
(六) 基金提撥費率及其幅度之建議事項。
(七) 軍職人員基金法令執行及疑義處理事項。
(八) 軍職人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
(九) 軍職人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
(十) 其他有關本組綜合業務事項。
二、第二科：
(一) 公務、政務人員基金法令執行及疑義處理事項。
(二) 公務、政務人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
(三) 公務、政務人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
(四) 調整待遇變更繳納基金費用之資料處理及通知事項。
(五) 本會與金融機構代收代付帳戶業務及關貿網路傳輸資料處理及查核
事項。
(六) 其他有關本組綜合業務事項。
三、第三科：
(一) 教育人員基金法令執行及疑義處理事項。
(二) 教育人員之基金費用收繳、欠費處理及資料管理事項。
(三) 教育人員各類退撫給與之核算及資料管理事項。
(四) 本會與金融機構代收代付帳戶業務及關貿網路傳輸資料處理及查核
事項。
(五) 其他有關本組綜合業務事項。