經核准進駐之園區事業，應於核准之日起二個月內繳納保證金，其額度依核准投資股本總額千分之三計算，並不得低於新臺幣十萬元，其繳納方式得以現金、金融機構簽發之本票或支票、保付支票、郵政匯票、設定質權之金融機構定期存款單或政府債券為之。
園區事業未依本條例第十五條第二項規定辦妥公司或分公司登記或未依前項規定繳納保證金者，管理局應廢止其進駐核准，未承租土地、廠房或營業場所者，其已繳納保證金者並無息退還所繳納之保證金。但有正當理由者，得向管理局申請延期，最長不得逾三個月。
園區事業取得園區內公司設立登記未滿一年因業務需要申請增資案件者，仍應依核准增加之股本金額千分之三，繳納保證金。