第二組分設三科，各科掌理下列事項：
一、第一科：
（一）農業金融體系業務協調及聯繫。
（二）全國農業金庫本分支機構之設立、撤銷、廢止、遷移、停業、復業及清理事項。
（三）全國農業金庫自動化服務設備之設置、遷移及撤銷事項。
（四）全國農業金庫管理法令之執行。
（五）全國農業金庫之管理、監督及輔導事項。
（六）全國農業金庫業務、財務與人事之考核及公股股權、代表人管理事項。
（七）全國農業金庫業務相關人民陳情及建議事項之處理。
（八）全國農業金庫檢查報告處理、違反農業金融相關法令之取締、處分與缺失事項改善情形之追蹤及考核。
（九）全國農業金庫重大及突發缺失事件之處理。
（十）全國農業金庫對信用部業務輔導、業務與財務查核、資金融通及餘裕資金轉存管理事項。
（十一）全國農業金庫對信用部辦理金融評估及績效評鑑管理事項。
（十二）信用部辦理需經全國農業金庫同意之授信案件管理事項。
（十三）督導全國農業金庫內部控制及內部稽核制度之實施。
（十四）農業金融機構與其他金融機構、相關金融事業聯繫、協調、配合措施之策劃及督導。
（十五）其他有關全國農業金庫之管理事項。
（十六）本組綜合性業務之彙辦。
二、第二科：
（一）信用部本分支機構之設立、撤銷、廢止、遷移、停業、復業及清理等事項。
（二）信用部自動化服務設備之設置、遷移及撤銷事項。
（三）信用部業務範圍之核定及調整。
（四）信用部整頓、合併及金融重建基金存續期間相關事宜之處理。
（五）信用部管理法令之執行。
（六）信用部之管理、監督及輔導事項。
（七）信用部業務、財務及人事之考核。
（八）直轄市、縣（市）政府有關信用部管理事項之督導及聯繫。
（九）信用部業務相關人民陳情及建議事項之處理。
（十）信用部與其他部門業務聯繫、配合之策劃及輔導。
（十一）其他有關信用部之管理事項。
三、第三科：
（一）委託金融檢查機構辦理檢查事項之處理及協調。
（二）信用部檢查報告處理、違反農業金融相關法令之取締、處分及處理。
（三）直轄市、縣（市）政府對於信用部檢查報告缺失事項追蹤處理之督導及聯繫。
（四）信用部違反法規及缺失事項改善情形之追蹤及考核。
（五）信用部重大及突發缺失事件之處理。
（六）督導信用部內部控制及內部稽核制度之實施。
（七）信用部本分支機構之設立、撤銷、廢止、停業；業務範圍核定及調整事項之會辦。
（八）農業金融機構檢查相關資料之蒐集、彙整及分析。
（九）其他有關檢查事項之處理。